Η πόλη της Νέας Υόρκης βρίσκεται στις βορειοανατολικές Ηνωμένες Πολιτείες, στη νοτιοανατολική πλευρά της πολιτείας της Νέας Υόρκης. Το μεγαλύτερο κομμάτι της Νέας Υόρκης είναι χτισμένο σε τρία νησιά, το Manhattan, το Staten Island και το Long Island.
Η θέση στις εκβολές του ποταμού Hudson River, ο οποίος τροφοδοτεί ένα φυσικά προστατευμένο λιμάνι και στη συνέχεια τον Ατλαντικό Ωκεανό, βοήθησε την πόλη να αναπτυχθεί σε μία σημαντική εμπορική πόλη.
Ο ποταμός Hudson River διασχίζει την κοιλάδα του Hudson έως τον κόλπο της Νέας Υόρκης. Ο ποταμός Hudson River χωρίζει την πόλη της Νέα Υόρκης από το New Jersey.
Ο ποταμός East River – ένα παλιρροϊκό στενό – ρέει από το Long Island και χωρίζει το Bronx και το Manhattan από το Long Island.
Ο ποταμός Harlem River, ένα άλλο παλιρροϊκό στενό ανάμεσα στον ποταμό East River και τον ποταμό Hudson River, χωρίζει το Manhattan από το Bronx.
Ο ποταμός Bronx River, ο οποίος ρέει μέσα από το Bronx και την περιοχή Westchester, είναι το μόνο εξ ολοκλήρου ποτάμι γλυκού νερού στην πόλη.
Το έδαφος της πόλης έχει αλλάξει σημαντικά από την ανθρώπινη παρέμβαση, με την σημαντική αποκατάσταση του εδάφους κατά μήκος των προκυμαίων από τους Ολλανδικούς αποικιακούς χρόνους. Η αποκατάσταση είναι σημαντική στην περιοχή του Lower Manhattan, με αναπτύξεις όπως το Battery Park στη δεκαετία του 1970 και του 1980. Μερικές από τις φυσικές διακυμάνσεις στην τοπογραφία έχουν εξισωθεί, κυρίως στο Manhattan.
Η χερσαία ζώνη της πόλης υπολογίζεται σε 789 τετραγωνικά χιλιόμετρα. Η συνολική έκταση της είναι 1.214 τετραγωνικά χιλιόμετρα. Τα 425 τετραγωνικά χιλιόμετρα είναι νερό και τα 789 τετραγωνικά χιλιόμετρα είναι γη. Το υψηλότερο σημείο της πόλης είναι το Todt Hill στο Staten Island, το οποίο, φτάνει στα 124,9 μέτρα επάνω από την επιφάνεια της θάλασσας, και είναι το ψηλότερο σημείο στη νοτιοανατολική ακτή του Maine.
